Inter

Nell'estate 2006, in seguito alle vicende dello scandalo del calcio italiano, lascia la Juventus ed approda all'Inter, che si aggiudica l'attaccante per 24,8 milioni di euro, nonostante la concorrenza di Milan e Real Madrid. Le prime parole da nerazzurro di Ibrahimović sono:
« Da piccolo tifavo per l'Inter. [...] Sono arrivato in una squadra molto forte, il mio futuro è qua. [...] Sono stato molto professionale, ho rispettato il mio contratto ma alla fine si è presentata questa occasione e siamo rimasti tutti contenti, io, l'Inter e anche la Juve. Questo è il calcio, dovevo pensare al mio futuro e il mio futuro è qui. Mi dispiace per i tifosi juventini, ma la vita continua. »
Dopo aver vinto la Supercoppa italiana con l'Inter, è uno dei protagonisti della stagione 2006-2007, conclusasi con la vittoria dello scudetto con cinque giornate di anticipo rispetto alla fine del campionato, terminato con 97 punti. Segna al debutto contro la Fiorentina allo Stadio Artemio Franchi. Titolare del reparto avanzato di Roberto Mancini, continua a segnare con una certa regolarità nell'arco dell'annata e risulta decisivo per le due vittorie stagionali dell'Inter nel Derby di Milano. In totale colleziona 27 presenze, 15 gol e 8 assist. Appena conquistato lo scudetto, nell'aprile 2007, si fa operare a Rotterdam per un'infiammazione all'adduttore destro.[45] Viene inoltre incluso nella squadra ideale del 2007 dal UEFA, tramite un sondaggio indetto sul sito uefa.com
Anche nella stagione successiva si conferma punto di forza dei nerazzurri. Oltre a segnare con regolarità in campionato, si sblocca e realizza il primo gol in UEFA Champions League con i colori neroazzurri nella partita col PSV Eindhoven, contro cui è autore di una doppietta. Dopo un'assenza di un mese e mezzo (dal 29 marzo), torna a giocare nel secondo tempo della gara dell'ultima giornata di campionato con il Parma, contro cui realizza i due gol decisivi per la vittoria del sedicesimo scudetto interista. La stagione 2007-2008, per lui, si conclude con 26 presenze, 17 gol (di cui 8 su rigore) e 9 assist in campionato, e 7 presenze, 5 gol (di cui 1 su rigore) e 3 assist in Champions League.
Nella stagione 2008-2009 si afferma come centravanti titolare dell'Inter di Mourinho, collezionando 34 presenze, 25 gol e 7 assist in campionato, 8 presenze, 1 gol e 2 assist in Champions League e 3 presenze e 3 gol in Coppa Italia. Il 19 gennaio 2009 riceve l'Oscar del calcio AIC come miglior giocatore e miglior straniero del campionato di Serie A 2007-2008 e anche il premio per il miglior gol dell'anno 2008. Viene inoltre inserito dai giornalisti de L'Équipe nella squadra ideale del 2008.[47] Al termine del campionato di Serie A 2008-2009 si laurea capocannoniere del torneo grazie alle 25 reti messe a segno in 35 partite.